El espacio museístico se reparte entre las salas bajas, abiertas al patio columnado, la caja de escalera, las galerías superiores y varias salas de la planta superior.

En la planta baja se encuentra la pieza más importante de las que componen la colección del museo. Se trata del llamado "Efebo de Antequera", bronce hueco de 1,54 metros de altura. Representa a un muchacho de corta edad, y ha sido fechado en el siglo I. Su actitud presenta un ritmo en S, girando la cabeza levemente hacia la derecha y dinamizando la pierna izquierda, la cual sólo toca el suelo con la punta de los dedos.

En esta misma planta, el visitante podrá contemplar una sala en la cual se exhibe una interesante muestra de la obra del pintor antequerano Cristóbal Toral. La pintura que mayor impacto produce es "El paquete". Se trata de una enorme composición que representa objetos concretos en un espacio vacío, inconcreto, que se expresa a través de una negrura de cósmica inmensidad.

A las salas superiores se accede a través de la escalera principal. Esta, los corredores superiores y las mismas salas, muestran una interesante colección de arte sacro, entre la cual destaca la impresionante escultura de San Francisco de Asís, obra de Pedro de Mena.